Dados do Trabalho

Título

SNV NOS GENES HLA DE CLASSE III. DETECCAO POR SEQUENCIAMENTO DO EXOMA EM AMOSTRAS COM TRIPLA HOMOZIGOSE NOS LOCOS A~B~DRB1 EM NIVEL

Introdução

Variante de Nucleotídeo Único (SNV) em genes de classe III da região do MHC podem influenciar na evolução de transplante e estarem associados aos alelos HLA da classe I ou II como risco ou suscetibilidade a doenças. O sequenciamento por exoma em amostras em homozigose dos alelos de classe I e II pode caracterizar haplótipos estendidos em classe III.

Material e Método

Foram sequenciados por exoma 15 amostras de participantes do Biobanco de células-tronco de pluripotência induzida para fins terapêuticos. Após serem confirmadas a tripla homozigose A~B~DRB1 em 14 amostras, 6 em penta e 3 em hexa (A~C~B~DRB1~DQB1~DPB1) por NGS (Omixon HLA Twin ). Os SNV foram detectados através da plataforma Emedgene Illumina_Nextera.

Resultados

Foram identificadas 36 SNV em genes da Classe III sendo 3 em LTA, 2 em C2, 5 em CFB, 13 em TAP2, 2 em PSMB8, 6 em TAP1,2 em PSMB9 e 1 em PGM3, todas com alta qualidade no sequenciamento. Uma variante (rs138059790) downstream no gene TAPBP (posição 33296338 A>C) em heterozigose foi detectada em uma amostra com homozigose em A, C, B, DRB1 e DQB1. Essa variante está associada a uma SNV missense no gene TAP1 (posição 32845767 C>A). Essa variante é classificada pela ACMG como PVS1 (Pathogenic Very Strong). Outra amostra em penta Hz-HLA também associada a 2 SNV missence nos genes CFB (posição 31946402 C>T ) e LTA (posição 31572980 A>C). Três outras amostras em penta Hz apresentaram os alelos DPB104:02P e DPB104:01P em fase com gene PGM3 (posição 83170448) apresentando SNP rs473267 classificado ACMG como benigna (BP6, BA1). Os alelos DPB102:01P e 17:01:01 estiveram em fase com o gene TAP1 (posição 32853041), enquanto DPB1*04:01:01 e DPB1*02:01:02 em fase com o gene PSBM9 (posição 32857313).

Discussão e Conclusões

A presença de SNV em genes HLA classe III pode ser suspeitada a partir dos haplótipos HLA.

Palavras Chave

HLA classe III, exoma, NGS, homozigose