Dados do Trabalho

Título

EXPERIENCIA DE UM LABORATORIO COM A TIPIFICAÇAO HLA BASEADA EM NANOPOROS

Introdução

A demanda por genotipagem HLA em alta resolução em um tempo menor tem levado laboratórios e empresas a desenvolverem metodologias que atendam urgências e o transplante renal de doador falecido. A técnica baseada em nanoporos da Oxford Nanopore Technologies (ONT) pode, potencialmente, suprir essa crescente demanda, além de permitir o sequenciamento de fragmentos longos de DNA.

Material e Método

O laboratório de Histocompatibilidade da UERJ teve acesso ao kit Omixon NanoTYPE, um kit NGS multiplex (11 loci) para plataforma MinION (ONT). Foram genotipadas 60 amostras, sendo 17 com resultado prévio por NGS baseado em Illumina. Estas amostras foram selecionadas por conter 1 ou mais locus com ambiguidade de fase, desbalanço alélico, baixa qualidade ou falha. Dos DNAs utilizados, 2 foram extraídos a partir de swab bucal. Três amostras estavam com a concentração abaixo do recomendado. As amostras foram divididas em 3 rodadas de 12 amostras (12 horas de sequenciamento) e 1 rodada de 24 (24 horas de sequenciamento).

Resultados

O tempo de processamento foi de 5h (3h para amplificação e 2h para o preparo da biblioteca). A purificação do amplicon sem ExoSAP não alterou a qualidade do sequenciamento. Das 17 amostras com resultado prévio, o NanoTYPE foi capaz de gerar resultados completos em 16. Uma amostra com DNA de swab falhou nos loci A e DQA1.

Discussão e Conclusões

A genotipagem HLA pela metodologia Nanopore pode ser uma excelente opção para solicitações urgentes e laboratórios de pequena a média rotinas. O NanoTYPE foi capaz de eliminar ambiguidades de fase e esclarecer resultados de difícil interpretação. A cobertura completa dos loci DRB1 e DPB1 e o uso de regiões intrônicas na análise, facilitando a resolução de ambiguidades de fase, são pontos a serem melhorados.

Palavras Chave

HLA / NanoTYPE / MinION