Dados do Trabalho

Título

UM NOVO ALELO HLA-C IDENTIFICADO POR DUAS PLATAFORMAS DE SEQUENCIAMENTO DE DNA

Introdução

A variabilidade das moléculas HLA está associada ao aumento do repertório de peptídeos apresentados por uma população. Nos últimos anos, a tipagem HLA por sequenciamento de nova geração expandiu o número de novos alelos conhecidos por agregar informações de novas regiões genômicas (éxons não chave) bem como o estabelecimento da fase entre as variantes. Neste trabalho, descrevemos a identificação de um novo alelo HLA-C.

Material e Método

Amostra de DNA de um candidato a doador de células tronco hematopoiéticas foi isolado. Amplificação de seis genes HLA clássicos, preparo da biblioteca, sequenciamento de nova geração (NGS) e sequenciamento de Sanger foram realizados conforme protocolos comerciais (Miafora, Immucor; NGSGo MX-6, GenDx; SeCore, ThermoFisher) nas plataformas Miseq (Illumina) e ABI3500 (ThermoFisher).

Resultados

Após geração das sequências consenso para HLA-C e comparação com a base de dados IPD‐IMGT/HLA (versão 3.51), os alelos mais próximos foram HLA‐C*04:01:01:01 (sem divergência) e HLA‐C*02:10:01:01 com uma substituição no éxon 1 (gDNA42 G>T) que não altera o aminoácido no códon -11(Serina). Através de análise familiar, o seguinte haplótipo estendido foi verificado: HLA‐A*74:01:01~C*02:10:NEW~B*15:03:01~DRB1*11:01:02~DQB1*03:19:01~ DPB1*01:01:01. A nova sequência foi submetida às bases de dados GenBank (OQ995246) e IPD‐IMGT/HLA (HWS10066415) e aguarda denominação pelo Comitê de Nomenclatura.

Discussão e Conclusões

Apesar de não constituir a proteína HLA madura, é importante documentar e considerar variantes no éxon 1 de genes HLA de classe I pois estas têm sido associadas a desfechos clínicos pós transplante como é o caso da variante gDNA11 C>T encontrada no peptídeo leader dos alelos HLA-B.

Palavras Chave

HLA, sequenciamento de nova geração, HLA-C sequenciamento de Sanger, transplante