Dados do Trabalho

Título

VALIDAÇAO DO KIT NANOTYPETM PARA TIPIFICAÇAO HLA EM ALTA RESOLUÇAO.

Introdução

O kit NanoTYPETM (Omixon, Inc. Budapeste) utiliza a tecnologia de sequenciamento de 3ª geração da Oxford Nanopore Technologies (ONT) para tipificação HLA de alta resolução (AR). Este método permite a tipificação de 11 locos HLA de 12 amostras em até 12 horas, gerando sequências longas que facilitam o faseamento dos alelos e minimizam resultados ambíguos. O objetivo deste estudo foi comparar tipificações HLA de AR pelo NanoTYPETM e pela plataforma Illumina.

Material e Método

Foram testadas 145 de sangue periférico (SP) e 13 de swab oral (SO). Quatro amostras (2 SP e 2 SO) foram descartadas devido a falhas no sequenciamento. Para garantir maior precisão na identificação de bases sequenciadas, utilizamos o modelo de super acurácia ao invés do modelo de alta acurácia.

Resultados

Foram analisados no software NanoTYPER (Omixon) e os índices de concordância foram: HLA-A, -B, -DRB345: 100%, -C, -DPA1: 99,3%, -DRB1: 96,7%, -DQB1, -DPB1: 96,6% e -DQA1: 89,9%. Dezessete resultados ambíguos obtidos com a plataforma Illumina foram resolvidos com a tecnologia ONT. O modelo super acurado foi capaz de corrigir alguns resultados discrepantes, porém aprimoramentos no NanoTYPER e na tecnologia ONT ainda são necessários para solucionar erros de alinhamento, especialmente nos alelos DRB1*04 e DQA1*05 e em regiões de homopolímeros. Posteriormente, avaliamos a nova versão dos kits da ONT (v14) com o NanoTYPETM em 24 amostras. Neste teste preliminar foram incluídas 7 amostras que apresentaram resultados discrepantes no HLA-DQA1 na versão anterior, sendo que 6 foram corrigidos.

A

Discussão e Conclusões

A metodologia ONT, com a aplicação do modelo super acurácia e as melhorias da nova versão oferecem um sequenciamento rápido e preciso para tipificações HLA de alta resolução

Palavras Chave

Tipicação HLA
NGS; Metodologia ONT; Modelo super acurácia